Apesar de esbarrar em planos centenários de vilões anciões e enfrentar divindades que deram origem a todos os poderes shinobi, a grande motivação de Naruto em Naruto Shippuden é sua amizade com Sasuke e sua intenção de recuperá-lo.
O final da série original de Naruto se deu com a partida de Sasuke da Vila Oculta da Folha, algo que alterou todo o comportamento dos shinobi de Konoha, mas principalmente de Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, seus companheiros de time, e Kakashi Hatake, seu mentor no Time 7.
Todo o desenvolvimento dos personagens principais da série foi afetada por esse ato de Sasuke, o que nos leva a imaginar o que teria acontecido se o Uchiha não tivesse fugido…
O irmão mais novo de Itachi provavelmente teria tido treinamentos mais extensos com Kakashi, o único usuário do sharingan disponível e com o mesmo interesse em treinar o garoto que ele teve ao ensiná-lo a técnica do Chidori.
Ao encarar Itachi, Sasuke teria o suporte físico e emocional de seus amigos e tutor, não dando espaço para a manipulação de Obito Uchiha. Mesmo ao saber da verdade sobre o seu clã, se Sasuke permitisse uma maior influência de Naruto e Sakura, ele não se voltaria contra Konoha.
A invasão de Pain teria sido menos desastrosa para A Vila, o Time 7 enfrentaria Nagato em conjunto e talvez Nagato fosse derrotado, ao invés de convencido por Naruto a mudar sua visão de mundo.
Com isso, Tsunade não teria entrado em coma e Danzo não viraria Hokage sem forçar uma barra ou utilizar o Kotoamatsukami em um momento pouco estratégico, o que poderia forçar o Time 7 a entrar em confronto com ele, Sasuke foi capaz de derrota-lo sozinho, mas certamente iria ser mais fácil com suporte.
Eventualmente Madara declararia guerra, Sasuke se prepararia para os combates ou ajudaria Naruto em sua missão para controlar a Raposa de Nove Caudas e esse serviço de proteção poderia ajudar no relacionamento dos dois protagonistas.
A parte de Itachi revivido por Kabuto aconteceria de forma semelhante, mas com Itachi vendo seu irmão vivendo sua missão de proteger Konoha o que seria legal de ver e um merecido descanso para o Uchiha mais velho.
Naruto e Sasuke não teria se confrontado após selar Kaguya, o que garantiria que os dois continuassem com dois braços.
Sakura e Sasuke ficariam mais tempo junto se Sasuke não tivesse se ausentado para pagar seus pecados e aprender mais sobre o mundo, o que poderia significar um irmão mais novo para Sarada, igual Himawari é para Boruto.
O resto de Boruto seria de alguma forma parecida, apenas com Sasuke mais presente na Vila, mas ainda como um Hokage das Sombras, fazendo missões especiais fora da Vila e permitir que Naruto cuide dos assuntos dentro da Vila.
