Kazuma Kiryu vai descobrir quantas pessoas estão dispostas a se sacrificar pela sua família ao investigar uma série de eventos que envolvem aqueles mais próximos dele, em Yakuza 6: The Song of Life.
Pouco depois de uma longa sentença de 3 anos na prisão, Kiryu descobre que sua filha Haruka desapareceu do orfanato que cuidava dela.
A trilha o leva até as antigas áreas de Kamurocho, onde ele descobre que ela sofreu um acidente e está em coma.
Para piorar as cosias, Kazuma descobre que Hakura tem um filho.
Com o bebê aos seus cuidados, ele viaja para a cidade costeira de Onomich para descobrir a verdade sobre Haruka, seu neto, e um segredo sinistro que a Yakuza está escondendo.