O maior mistério de Boruto: Naruto Next Generations sem dúvidas é como as coisas chegaram ao ponto mostrado no primeiro episódio do anime.
Na primeira cena do anime, podemos ver uma Konoha quase completamente destruída, e somente Boruto está de pé para enfrentar aquele que causou todo o caos, Kawaki.
Durante esta cena, Kawaki diz a Boruto que o colocará onde ele “enviou” o Hokage. Esta frase foi responsável por inúmeras teorias sobre o destino de Naruto. Alguns fãs acreditam que Naruto pode ter sido morto por Kawaki e pela Organização Kara.
Entretanto, existem aqueles que acreditam que as palavras ditas por Kawaki foram propositalmente vagas. Segundo uma nova teoria, Kawaki não matou o Sétimo Hokage, mas apenas o enviou a algum outro lugar e o selou lá. Um dos possíveis lugares que Naruto possa ter sido selado é em uma outra dimensão que ainda não conhecemos.
Boruto: Naruto Next Generations já introduziu os fãs às linhas entre as dimensões com Nue, uma criatura que Sumire era capaz de chamar até Konoha. Se Naruto tiver sido apenas selado em outra dimensão, isto quer dizer que ele ainda pode ser resgatado com vida, mas isto só aconteceria após a luta entre Boruto e Kawaki chegar ao fim.
